身为天子的万历，在与制度的撕扯中逐渐疲惫，他选择了躺平。在另一种意义上来说，他只不过是紫禁城当中的一名囚徒。
现在到了1587年，万历皇帝还只有24岁，但登上天子的宝座却已经15年了。对他来说，这15年似乎显得特别漫长，因为有许多重复的事件和不变的礼仪要他去应付，即使是一年以前，他的爱妃郑氏生下皇子常洵，也并不能给他多少安慰。接近他的人可以看出，皇帝陛下正在越来越感到生活的单调和疲劳。上一年，他主持殿试，试题的内容是“无为而清’，他对生活的厌倦已经越出了内心世界而要开始见诸行动了。
这一年阳历 7 月，正当元辅张居正先生去世 5 周年，皇帝端坐深宫，往事又重新在心头涌现。他降谕工部，要工部如实查报，张居正在京内的住宅没收归官以后作何区处：是卖掉了，还是租给别人了？如果租给别人，又是租给谁了？工部的答复没有见于记录。大约史官认为记载了这道上谕，已经可以表明皇帝当时微妙复杂的思绪，至于房屋或卖或租，对国家大事则无关紧要，就不必琐碎饤饾地加以记录了。
他其实在当时并不是很关心房产的去处，他只是突然想起了他曾经的老师兼首辅：张先生。
继位
他自然会清楚记得，在他8岁那一年的冬天，他的父亲隆庆皇帝为他举行了象征成为成人的冠礼。他被引导进入殿前特设的帷帐里，按照礼仪的规定更换衣冠服饰，前后三次都以不同的装束出现于大庭广众之中。
他偷听到，他的父亲快不行了，他不知道怎么办才好。但他是一个非常聪明懂事的孩子，他就按照宦官的引导，然后前后三次，以不同的装束出现在大殿之上，进行着种种复杂的礼仪。
几个月之后，隆庆皇帝龙驭上宾。这位刚刚9岁的皇太子，就穿着丧服接见了臣僚。
他一直记得大人们交给他的。当全部的官员以最恳切的词藻要求他继位的时候，他非常小心又流畅的说出了提前背诵好的内容。
按照传统的“劝进”程式，全部官员以最恳切的辞藻请求皇太子即皇帝位。头两次的请求都被皇太子所拒绝因为父皇刚刚驾崩，自己的哀恸无法节制，哪里有心情去想到个人名位？到第三次，他才以群臣所说的应当以社稷为重作为理由，勉如所请。这一番推辞和接受的过程，有条不紊，有如经过预习。
老师兼首辅：张居正
他既为皇帝，在他的世界里没有人和他平等。在两位皇太后之外，他所需要尊敬的人只有两个：一个是张居正张先生，另一个是“大伴”冯保。这种观念，不消说是来自皇太后那里。
张居正似乎永远是智慧的象征。他眉目轩朗，长须，而且注意修饰，袍服每天都像崭新的一样折痕分明。他的心智也完全和仪表相一致。他不开口则已，一开口就能揭出事情的要害，言辞简短准确，使人无可置疑，颇合于中国古语所谓“夫人不言，言必有中”。
除了首辅以外，张居正又兼管万历的教育事务。小皇帝的五个主讲经史的老师、两个教书法的老师和一个侍读，都是他一手任命的。他还编订了讲章作为万历的教科书，有机会还亲自讲授。
中午功课完毕，小皇帝在文华殿进午餐。下半天的大部分时间都可以自由支配，不过他仍然被嘱咐要复习功课，练习书法，默记经史。小皇帝对这种嘱咐丝毫不敢忽视，因为第二天必须背诵今天为他所讲授的经书和历史。如果准备充分，背书如银瓶泻水，张先生就会颂扬天子的圣明；但如果背得结结巴巴或者读出别字，张先生也立即会拿出严师的身份加以质问，使他无地自容。
万历年方10岁，就能书写径尺以上的大字。有一次，他让张居正和其他大学士观看他秉笔挥毫，写完以后就赏赐给了这些大臣。张居正谢恩领受，但在第二天他就启奏皇帝：陛下的书法已经取得很大的成就，现在已经不宜在这上面花费过多的精力，因为书法总是末节小技。自古以来的圣君明主以德行治理天下，艺术的精湛，对苍生并无补益。
对于这忠心耿耿的进谏，小皇帝自然只能听从。在1578年之后，他的日课之中就取消了书法而只留下了经史。
慈圣太后对张先生也是言听计从。她一向是一个虔诚的信神奉佛的女人，有一次曾准备用自己的私蓄修筑涿州娘娘庙，后来听从了张居正的劝告，把这笔钱改用于修筑北京城外的桥梁。万历皇帝出疹子痊愈以后，太后本来打算在宫内设坛拜谢菩萨的保佑，也由于张居正的反对而作罢。还有好几次，慈圣太后想在秋决前举行大赦，但是张居正坚持以为不可，太后也只能被迫放弃原来的意图。在这些事例中，张居正的主张无疑都很正确，但是这种铁面无私的态度，在以后也并不是不需要付出代价的。
“你永远可以信任张先生”
对于张居正，慈圣太后的一切教育都似乎清楚无误的向万历传达了一个信息：你永远可以信任张先生
总的来说，万历即位以后的第一个10年，即从1572年到1582年，为本朝百事转苏、欣欣向荣的10年。北方的“虏患”已不再发生，东南的倭思也已绝迹。承平日久，国家的府库随之而日见充实。这些超出预计的成就，自不能不归功于内阁大学士张居正。
次年，即1578年，张居正服用红袍玉带参与了皇帝的大婚典礼。礼毕后又换上市袍角带回籍葬父。他从阳历4月中旬离京，7月中旬返京，时间长达3个月。即使在离京期间，他仍然处理重要政务。因为凡属重要文件，皇帝还要特派飞骑传送到离京1000里的江陵张宅请张先生区处。
1578年前后，年轻的皇帝对张居正的信任达到最高点。这种罕见的情谊在张居正离京以前的一次君臣谈话中表现得最为充分。张先生启奏说，他前番的被攻击，原因在于一心为朝廷办事，不顾其他，以致怨访交集；万历则表示他非常明白，张先生的忠忱的确义薄云天。说完以后，君臣感极而泣。张居正回籍葬父，这3个月的睽违离别，是他们一生中唯一的一次，所以更显得特别长久。待至元辅返京，万历在欣慰之余，更增加了对张先生的倚重。
张居正去世
这段时间，万历就这么勤勤恳恳地履行着自己作为一个帝王的日常工作，单调、沉闷、重复，他的童年和少年从没有过叛逆，生活其实本来可以一直这样下去的，但是慢慢地他长大了，事情渐渐地起了变化。1582年，五十七岁的张居正去世了。
像他这样具有充沛精力的活动人物享年仅57岁，使报多人为之惊悼，但也有很多人在私下额手相庆。在他去世前9天，万历加封他以太师衔，这是文臣中至高无上的官衔，在本朝二百年的历史中从未有人在生前得到这个荣誉。但是由于疾病很快夺去了他的生命，他已经无法利用这个新的荣誉再来增加自己的权威。
张居正去世后，万历皇帝就此陷入了巨大的悲伤和失落之中，但是这悲伤和失落当中还掺杂了一些万历皇帝当时说不出来的感受。
万历决心破除他带给别人的这一柔弱的印象。在这忙碌的1582年，他励精图治，一连串重要的国家大事，尤其是有关人事的安排，都由他亲自作出决定。可能就在这个时候，他观看了宫廷内戏班演出的《华岳赐环记》，戏里的国君慨叹地唱着《左传》中的“政由宁氏，祭则寡人”，意思是说重要的政事都由宁氏处理，作为国君，他只能主持祭祀一类的仪式。当日伺候万历看戏的人都会看到他的反应，戏台下的皇帝和戏台上的国君同样地不舒服。
但是如何才能成为大权独揽的名副其实的君主？对万历来说，第一件事情是使他的朝廷摆脱张居正的影响。那张居正的躯体已经离开了这个世界，但他的影子仍然笼罩着这个朝廷。朝中的文武百官根据对张居正的态度而分为两派，要么就是拥护张居正，要么就是反对张居正。拥张派的官员过去依靠张太师的提拔，他们主张夺情留职，在张太师得病期间公开出面为他祈祷；反张派则认定张居正是巨奸大猾、伪君子、独裁者。在1582年，当皇帝本人还没有对过去的种种彻底了解的时候，朝廷里的钟摆已经摆到了有利于反张派的一边。
清算张居正
到1582年年底，张居正去世仅仅半年，他已经被盖棺论定，罪状有欺君毒民、接受贿赂、卖官鬻爵、任用私人、放纵奴仆凌辱缙绅，等等，归结到最后，就是结党营私，妄图把持朝廷大权，居心叵测云云。
这一切使年轻的皇帝感到他对张居正的信任是一种不幸的历史错误。张先生言行不一，他满口节俭，但事实证明他的私生活极其奢侈。他积聚了许多珠玉玩好和书画名迹，还蓄养了许多绝色佳人，这些都是由趋奉他的佞幸呈送的。得悉了此项新闻，万历又感到十分伤心。这10年来，他身居九五之尊，但是被限制到没有钱赏赐宫女，以致不得不记录在册子上等待有钱以后再行兑现；他的外祖父因为收入不足，被迫以揽纳公家物品牟利而被当众申饬。但是，这位节俭的倡导者、以圣贤自居的张居正，竟如此口是心非地占尽了实利！
万历陷入了巨大的紊乱之中，他下令革除张居正儿子的官职，剥夺张居正“太师”的头衔，但他始终下不了抄家的决心。
一提到张居正，各种复杂的记忆就会在他的心头涌集。所以，在冯保被摈斥后，有一位御史继续上本参奏张居正十四大罪，皇帝用朱批回答说，张居正蔽主殃民，殊负恩眷，但是“待朕冲龄，有十年辅理之功，今已殁，姑贷不究，以全始终”。
但是随着大量可疑的证据出现，万历对张先生的回忆之中，连勉强保留下来的那一部分进来也化为乌有了，最终下达了抄家令。
又过了一年，即1584年阳历5月，辽王的王妃控诉张居正生前出于个人恩怨，又为了攘夺府邸而蒙蔽圣聪，废黜辽王，理应籍没。这时万历觉得张居正竟敢侵犯皇室以自肥，实属罪无可道，因此下决心同意了这一请求。
在抄家之后，有两个人呈请皇帝对张居正的老母额外加恩。万历一面批准以空宅一所和田地1000亩作为赡养，一面又指责了这两个呈请者。
元辅张居正死后被清算，大伴冯保被驱逐出京，皇帝至此已经实际掌握了政府的大权。但是不久以后，他就会发觉他摆脱了张、冯之后所得到的自主之权仍然受到种种约束，即使贵为天子，也不过是一种制度所需要产物。他逐渐明白，倒掉张居正，真正的受益者并不是他自己。
他并没有因为张居正的死而获得自由，他一生的挣扎才刚刚开始。
郑氏
在九嫔之中，有一位后来被封为是贵妃、当时被称为淑嫔的郑氏。万历时年已经18岁，但对这一个14岁的小女孩一往情深。当她一经介入万历的生活之中，就使皇帝把恭妃王氏置于脑后。更不寻常的是，他们的热恋竟终生不渝，而且还由此埋伏下了本朝的一个极重的政治危机。
但是热恋并不等于独占皇帝的枕席。万历共有八子十女，为8个不同的女人所生。郑氏之所以能赢得万岁的欢心，并不是具有闭月羞花的美貌，而是由于聪明机警，意志坚决，喜欢读书，因而符合皇帝感情上的需要。如果专侍色相，则宠爱决不能如此的历久不衰。
据说，淑嫔郑氏和万历具有共同的读书兴趣，同时又能给万历以无微不至的照顾。这种精神上的一致，使这个年轻女人成了皇帝身边一个不可缺少的人物。可以说，她是在最适当的时机来到了他的生活里，填补了他精神上的缺陷。
她看透了他虽然资为天子，富有四海，但在实质上却既柔且弱，也没有人给他同情和保障。即使是他的母亲，也常常有意无意地把他看成一具执行任务的机械，而忽视了他毕竟是一个有血有肉、既会冲动又会感伤的“人”。基于这种了解，她就能透彻地认清了作为一个妻子所能够起到的作用。别的妃嫔对皇帝百依百顺，但是心灵深处却保持着距离和警惕，惟独她毫无顾忌，敢于挑逗和嘲笑皇帝，同时又倾听皇帝的诉苦，鼓励皇帝增加信心。在名分上，她属于姬妾，但是在精神上，她已经常常不把自己当作姬妾看待，而万历也真正感到了这种精神交流的力量。据宦官们私下谈论，皇上和娘娘曾经俪影双双，在西内的寺院拜谒神佛，有时还一起作佛前的祈祷。她对万历优柔寡断的性格感到不快，并且敢于用一种撒娇讥讽的态度对他说：“陛下，您真是一位老太太！”
万历生前在陵墓里面放了三个棺材，皇帝、皇后，另外一个自然就是天下大概唯一把他当做一个真正的人的女人：郑氏。
国本之争
这一年之初，皇长子常洛只有足岁七岁半，但按中国传统的计算方法，他已经9岁。这时他还没有出阁讲学，给很多廷臣造成了不安，担心他长大以后不能和文官作正常的交往。但是出阁讲学，他又必须具有太子的名义，否则就是名不正言不顺。问题迫在眉睫，所有的京官集体向文渊阁的四个大学士施加压力，要求他们运用自己的声望，促使万历册立常洛为太子。于是，以申时行为首的四个大学士向皇帝提出了辞呈，理由是他们无法向百官交代。皇帝当然也不能接受他们的辞呈，因为他们一去，就不再有人敢接受这个首当其冲的职位。
在这一场悲剧性的冲突之中，没有人取得胜利。立储一事竟惹起了如许风波，使两个大学土相继离职。既然如此，即使是最激烈的人也不便立即再提起此事，因为怕把事情弄僵而不可收拾。万历也很清楚，无论他多么宠爱郑贵妃和常洵，这废长立幼一举决不会被廷臣所接受，如果公开坚持自己的主张，最后势必引起大规模的流血，这是与他所崇奉的佛教宗旨相违背的，而且流血之后也未必就能如愿以偿。基于双方的这种考虑，就形成了暂时的僵持局面。
万历登极以后，虽然坐在他祖先坐过的宝座之上，但他的职责和权限已经和他的前代有所不同。他的祖先，一言一行都被臣下恭维为绝对的道德标准，而他却是在他的臣僚教育之下长大的。他的责任范围乃是这群文臣们所安排的。他的感情更需作绝对的抑制。这前后不同之处尽管在形式上含蓄，实质上却毫不含糊。原因是开国之君主创建了本朝，同时也设立了作为行政工具的文官制度，而今天的文官却早已成熟，他们所需要的只是一个个性平淡的君主作为天命的代表，其任务就是在他们的争端无法解决时作出强制性的仲裁。他们要求这位守成之主与日常的生活隔绝，在仲裁争端中不挟带个人的嗜好和偏爱以引起更多的纠纷。坦率地说，就是皇帝最好毫无主见，因此更足以代表天命。这种关系，已经由万历的曾叔祖弘治作出了榜样。弘治皇帝愈是谦抑温和，听凭文臣们的摆布，文臣们就愈是称颂他为有道明君。
1587年表面上平静无事，可是很多文官已经预感到如果皇储问题得不到合理解决，历史的惨痛教训必然会在他们身上重演。今天无意中的一言一语，一举一动，将来都可以拿来当做犯罪的证据。就算他们谨慎小心，缄口不言，也可能日后被视为附逆，未必一定能明哲保身。然而并不是所有的人都害怕这样的危险，有的人却正好把这危险看成表现自己刚毅正直的大好机会。即使因此而牺牲，也可以博得舍生取义的美名而流芳百世。因此，除了接二连三地递上奏章以外，他们还刻印了富有煽动性的小册子和传单，闹得北京城沸沸扬扬。
其实这里面有的官员是在守卫儒家的道统义理，但是有的官员是清楚的知道贬黜和廷杖会让他们在整个天下博得忠诚的美名，如果计算正确，他日复职加官，乃是意中之事，这就是万历皇帝所说的“讪君卖直”。
多少年来，文官已经形成了一种强大的力量，强迫坐在宝座上的皇帝在处理政务时摈斥他个人的意志。皇帝没有办法抵御这种力量，因为他的权威产生于百官的俯伏跪拜之中，他实际上所能控制的则至为微薄。名义上他是天子，实际上他受制于廷臣。万历皇帝以他的聪明接触到了事情的真相，明白了自己立常洵的计划不能成功，就心灰意懒，对这个操纵实际的官僚集团日益疏远，采取了长期怠工的消极对抗。
万历二十九年，身心俱疲的皇帝终于立朱常洛为皇太子，这场持续了15年的争国本事件最终落下了帷幕。万历皇帝在与文官博弈的漫长时间里，逐渐变得灰心丧气，但是他的屈服是带着仇恨的。
消极怠工
以皇帝的身份向臣僚作长期的消极怠工，万历皇帝在历史上是一个空前绝后的例子。其动机是出于一种报复的意念，因为他的文官不容许他废长立幼，以皇三子常洵代替皇长子常洛为太子。这一愿望不能实现，遂使他心爱的女人郑贵妃为之悒郁寡欢。另外一个原因，则是他在张居正事件以后，他明白了别人也和他一样，一身而具有“阴”、“阳”的两重性。有“阳”则有“阴”，既有道德伦理，就有私心贪欲。这种“阴”也决非人世间的力量所能加以消灭的。于是，他既不强迫臣僚接受他的主张，也不反对臣僚的意见，而是对这一切漠然置之。他的这种消极怠工自然没有公然以圣旨的形式宣布，但在别人看来则已洞若观火。
皇帝决心以顽强的意志和臣僚们作持久的对抗，臣僚不让他立常洵为太子，他也不立常洛为太子，甚至不让常洛举行冠礼以便向翰林院的官员就读。像这样双方坚持达10年之久。
迫于强大的舆论压力，他不得不放弃自己的打算。但是他的屈服是带着仇恨的。皇长子被封为太子，皇三子被封为福王到河南之国，从此皇帝的心灵上就留下了永久的伤痕，他的臣撩也再没有机会能使他按照他们的意志执行他的任务了。皇帝仍然是皇帝，但是再也不愿意做任何事情使他的文官快意。像这样又20年。
各种法定的礼仪在照常举行，但是皇帝已经不再出席。高级的职位出缺，他宁可让它空着而不派人递补，使那些文官们除了极少数的人以外已不再有升迁到最上层的希望。臣僚们抗议的奏章不断向他提出，他也不加答辩。因为他知道，只要在奏本上一加朱批，不论是激烈的驳斥还是冷静的辩说，这些朱批和原来的奏折都要送到给事中的办公室里传抄公布，这就正好中了那批抗议者的下怀，使他们达到了沽名买直的目的而暴露了自己缺乏雍容的气度。最合适的办法就是把这些可恶的奏本留中，即扣押在宫内不加批示。
于是有良心的官员觉得无法执行他们的任务，只好提出辞呈。万历以同样的态度对付这些辞呈，既不援例慰留，也不准离职。有的官员在盛怒之余径自挂冠而去，吏部建议对他们追捕而加以宪问，万历同样还是置之不理。到他临朝的后期，一个文官自动离职就意味着一个名位已被废革，因为不再有人补缺。
人们看得很清楚，慈圣太后之被隆重追悼，并不是因为她个人引起了如此广泛而深沉的哀思。她不过是一个形式上的代表，她的丧仪象征了全国臣民怀念慈母的养育之恩，也表现了他们对皇室的忠诚。不难想象这些官员和夫人在号哭完毕以后回到家里，由于为这隆重的丧仪所感染，势必要对长者更为孝敬，而全国的风俗乃能更为淳厚。然而万历皇帝却早已丧失了这样的信心。他已经把一切看透，仪式典礼只会产生更多的仪式典礼，作为全国的表率，他又必须在每一种仪式中使用全部精力去表现他的诚意。他在过去的生活里付出的精力已经太多了，他已经不再有周旋应付的兴趣，所以他以近日偶患湿毒，敷药未愈，行走不便作为理由，免除了自己应该在众目瞪陵之下参加的繁文缛节。但这并不等于说皇帝有亏孝道，根据当日居留在北京的外国教士记载，皇太后入殓时的一切细节，都出于万历的亲手安排。
万历是中国历史上，一个真正地实践了鲁迅先生那句“惟沉默是最高的轻蔑”的人。
在万历皇帝御宇的48年中，特别到了后期，大臣们已经看透了中枢无复具有领导全局的能力，也就不得不以消极敷衍的态度来应付局面。此类态度类似疫气，很快就在文官中流传，使忠于职守者缺乏信心，贪污腐败者更加有机可乘。这种不景气的趋势愈演愈烈，使整个王朝走到了崩溃的边缘。其所以能勉强维持，实在是因为替代的办法尚未找到。而像我们这样庞大而历史悠久的帝国，即使在不利的条件之下，仅凭惯性的作用也可以使这个王朝继续存在若干年月。
在御宇48年之后，万历皇帝平静地离开了人间，他被安葬在他亲自参与设计的定陵里，从此他可以更加躺平的永远躺平下去了，只不过左右两个棺椁中并没有郑氏的陪伴。
